Le statut d’auto-entrepreneur présente des inconvénients. La principale limite à ce statut : le chiffre d’affaires maximum que peut réaliser un auto-entrepreneur. Ainsi, un auto-entrepreneur crée une entreprise individuelle qui ne peut se développer véritablement, sous peine de devoir quitter le régime micro-social de l’auto-entrepreneur.

L’auto-entrepreneur qui dépasse cette limite de chiffre d’affaires (voir dépassement plafond AE) devient immédiatement imposable à TVA, perd le bénéfice de l’ACCRE et risque de perdre son statut simplifié d’auto-entrepreneur.

De plus, les frais de l’auto-entrepreneur qui lui sont remboursés par ses clients entrent dans ce chiffre d’affaires à déclarer par l’auto-entrepreneur et sur la base duquel il acquitte ses prélèvements obligatoires. Pour tous les métiers de la VPC (vente par correspondance), les statuts d’auto-entrepreneur et de micro-entrepreneur d’ailleurs, présentent sur ce point un inconvénient majeur.

Enfin, les opposants au statut d’auto-entrepreneur soulignent le risque que des entreprises recrutent des auto-entrepreneurs plutôt que des salariés pour externaliser leur main d’œuvre.