Le statut d’auto-entrepreneur présente des inconvénients. La principale limite à ce statut : le chiffre d’affaires maximum que peut réaliser un auto-entrepreneur. Ainsi, un auto-entrepreneur crée une entreprise individuelle qui ne peut se développer véritablement, sous peine de devoir quitter le régime micro-social de l’auto-entrepreneur.
D’autre part, ce que les opposants au statut d’auto-entrepreneur soulignent, c’est le risque que des entreprises recrutent des auto-entrepreneurs plutôt que des salariés pour externaliser leur main d’œuvre.